Trong khoảng thời gian 2004-2015, Judith Nabakooba đã phục vụ trong Lực lượng Cảnh sát Uganda, nơi bà giữ nhiều vị trí đáng chú ý như Người phát ngôn của Lực lượng Cảnh sát. Bà cũng từng là thư ký cho hiệp hội tín dụng cảnh sát có tên Exodus SACCO. Sau khi làm Phó Chính trị viên Cảnh sát từ tháng 4 năm 2014, sau đó bà rời khỏi lực lượng Cảnh sát để hoạt động chính trị vào tháng 6 năm 2015.

Trong cuộc tổng tuyển cử năm 2016, Nabakooba đã được bầu làm đại diện phụ nữ của quận Mityana với tư cách đại diện của đảng NRM . [4] Trong nhiệm kỳ của mình, bà đã phải đối mặt với những lời chỉ trích và đe dọa về vị trí của mình liên quan đến dự luật Giới hạn độ tuổi của quốc hội [5] Bà cũng phải đối mặt với những lời chỉ trích về Báo cáo Kasese bị trì hoãn. [6]